Hidrojen molekülleri endüstride sudan ya da hidrojen barındıran gaz karışımlarından elde edilir. Hidrojen önceden balon gazı şişirmelerinde sıklıkla kullanılmakta iken yaşanan kazalar neticesinde yerini helyum gazına devretmiştir. Kimya endüstrisinde de hidrojen gazının kullanımına yer verilmektedir.
Hidrojen moleküllerinin kullanım alanları arasında metanol bileşimi, bitkisel yağları doyurma, petrokimyada hidrojenle işleme ve amonyak bileşimleri yer almaktadır.
Sıvılaştırılmış hidrojen molekülleri genel olarak uzay araçlarının uzaya gönderilmesi için yakıt olarak kullanılmaktadır. Hidrojenin havada bulunma oranı az iken doğal kaynaklardan çıkan gaz ve volkanlardan çıkan gazlarda hidrojen oranı daha yüksektir.